Krasnojarski territoorium on kõrge bioloogilise mitmekesisusega piirkond. Siin kohtuvad Euroopa, Siberi ja Hiina fauna esindajad. Lisaks on paljud loomad kogu piirkonna kaubanduslikud ressursid.
Krasnojarski territooriumi putukad
Liigiliste suhete osas on Krasnojarski territooriumi putukaid kõige rohkem. Kokku elab siin neid selgrootuid umbes 2 tuhat. Suurimat tähelepanu tõmbavad metsaistandustele ohtu kujutavad putukate kahjurid. Need on kooremardikad ja pikisarvemardikad, mis hävitavad aastas umbes 8 tuhat hektarit metsa. Seal elavad ka mesilased, mai mardikad, metsa- ja punased sipelgad, admiralid ja mnemosüünliblikad, käpad, kuzkid ja kaunitarid.
Krasnojarski territooriumi imetajad
Krasnojarski territooriumi kliima on soodne selliste imetajate elamiseks nagu:
- harilik orav - varem oli see jahiloom, kuid nüüd on nende populatsioon vähenenud (nüüd on Krasnojarski territooriumil umbes 10–25 miljonit isendit);
- jääkaru - piirkonna suurim kiskja (elab Põhja-Jäämere rannikul ja on kantud Venemaa punasesse raamatusse);
- valgejänes - elab metsa-tundras ja kogu piirkonna metsavööndis, on jahiobjekt;
- vöötorav - elab piirkonna metsavööndis, talveunne jääb (karusnahakaubanduse objekt);
- pruunkaru - esindatud kogu piirkonna metsavööndis, ulatub nende arv piirkonnas praegu 15 tuhande isendini;
- mäger on mustelidae perekonna keskmise suurusega imetaja (elab Krasnojarski territooriumi lõunaosas, talveks talveunne, on kalapüügi objekt);
- Siberi metskits - elab piirkonna lõuna- ja keskpiirkonnas, on oluline jahiobjekt.
Samuti on siin levinud saarmas, lemming, põder, lendorav, nastik, rebane, manula, maral, morsk, hüljes, ahm ja polaarrebane.
Krasnojarski territooriumi linnud
- Cerneti - sukelpartide perekonna esindaja, piirkonnas on jahipidamise objekt;
- rõngas - üks levinumaid liivakarva, elab piirkonna niitudel ja rannikul, kuulub jahiobjektide hulka;
- sinikael - pardiperekonna esindaja, moodustab piirkonnas linnarahvastiku, olulise jahiobjekti;
- Harrier on kullide sugukonnast pärit röövlind, elab piirkonna lõunapoolsetes piirkondades, toitub lindudest, väikestest närilistest ja imetajatest.
Krasnojarski territooriumi kalad
- lenok - lõhe perekonna kala, kes elab piirkonna lõuna- ja keskosas jõgedes ja järvedes, on väärtuslik kaubaliik;
- linask - piirkonna lõunaosa järvedest leitud keskmise suurusega karpkala perekonna kala, mis on väärtuslik püügiobjekt;
- harilik tursk - kogu Jenissei vesikonnas laialt levinud tursaperekonna kala on kaubanduslik liik, mida aastas korjatakse umbes 500 tonni;
- omul - siiglaste sugukonna kala, on kalapüügi kõige olulisem objekt, seetõttu on tema saak rangelt piiratud.
Lisaks leidub ahvenaid, karpkalasid, ristikuid, ruffe, taimen, harjusi, süsi ja lõhet.
